Cmentarz utworzono jesienią 1939 jako miejsce pochówku żołnierzy Wojska Polskiego, którzy polegli podczas obrony Warszawy w ramach kampanii wrześniowej. Na tejże nekropolii chowano także powstańców, poległych podczas powstania warszawskiego. Cmentarz został zamknięty dla pochówków w 1956 r., co spowodowało pogłębiające się jego postępującego zaniedbanie. Następnie przeprowadzono ekshumacje ciał żołnierzy i powstańców. Ich doczesne szczątki zostały przeniesione na Cmentarz Wojskowy na Powązkach. W latach 90. cmentarz stał się własnością parafii św. Franciszka z Asyżu na Okęciu i zmienił swój charakter na katolicki. Nekropolia została powtórnie otwarta na pochówki. Jest to najmniejszy cmentarz warszawski, zajmuje powierzchnię 0,3 ha.