Nekropolia została założona po zakończeniu kampanii wrześniowej jako cmentarz wojenny dla żołnierzy poległych w okolicy. Inicjatorem jego powstania był zarząd ówczesnej gminy Wawer z wójtem Stanisławem Krupką. Dzięki jego staraniom cmentarz zaprojektowany przez Józefa Tarnasa i Aleksandra Zdanowicza został otwarty 12 listopada 1939. Pierwszym pochowanym był wilnianin Kazimierz Grauzynius poległy 19 września 1939. W kolejnych dniach po otwarciu cmentarza przeprowadzano kolejne ekshumacje i pochówki.